V porovnání s naftovými motory díky tomu má CNG v praxi tyto výhody:

• Výrazné snížení emisí pevných částic. Ty jsou u naftových motorů považovány za nejškodlivější pro své mutagenní a karcinogenní účinky.
• Výrazné snížení kouřivosti.
• Snížení emisí oxidů dusíku, oxidu uhelnatého a dalších sledovaných složek.
• Snížení emisí oxidu uhličitého zhruba o 20 až 25 %.
• Výrazné snížení nemetanových, aromatických a polyaromatických uhlovodíků, aldehydů.
• Snížení tvorby ozónu v atmosféře nad zemí, který způsobuje tzv. letní smog.
• Absolutní vyloučení oxidu siřičitého ze spalin.
• Absence aditiv a karcinogenních přísad.
• Tišší chod motoru. Při srovnání naftového a CNG motoru u autobusů se jedná až o 50% snížení hladiny hluku vně vozidla a o 60 až 70 % uvnitř vozidla.
• Nulové ztráty paliva při tankování, na rozdíl od nafty nedochází k odpařování.
• CNG nelze zcizit.
• Nulová kontaminace okolí při úniku paliva.